A Coleção Machado de Assis foi formada a partir de documentos doados a Plínio Doyle enquanto chefe do Arquivo Museu de Literatura Brasileira – AMLB, da Fundação Casa de Rui Barbosa, no período de 1972 a 1993, com breve interrupção entre os anos de 1979 e 1982. Constituída de documentos pessoais como correspondência, contratos com a Livraria Garnier, abaixo-assinados e outros, a Coleção Machado de Assis se diferencia das demais, bem como dos arquivos do AMLB, por conter grande quantidade de documentos públicos. Trata-se de 108 processos oriundos da Secretaria de Estado dos Negócios da Agricultura, Comércio e Obras Públicas, sucedida pela Secretaria dos Negócios da Indústria Viação e Obras Públicas, contendo pareceres de Machado de Assis enquanto funcionário daquelas secretarias. A Coleção possui documentos do período de 1866 a 1908, devidamente digitalizados e disponíveis para consulta presencial e online.